Как с этим бороться?
Радикально.
Править csv файл в рифмастере. Удалять область с дефектом. И вновь генерировать папку GL конвертером.
Почему так?
Наверное уже обращали внимание, что попытка закатать дефект, особенно грубое отклонение, множит сущности - вокруг появляется целая куча хрен знает каких изобат.
Напомню, что GL не пишет напрямую точка-координаты/глубина. Он привязывает их к своей сетке. Попасть при закатывании на точку с координатами в 15 знаков после запятой нереально. GL пересчитывает изначально косячные узловые точки с учетом вновь поступающих данных (поймите правильно-он не знает что они косячные, он вообще все пересчитывает когда GL включен). Понятно, что чем больше проходов, тем ближе к истине пересчитается дефект.
Удаление же дефектной области в рифе позволит просто спокойно пройти по этому месту для восстановления картинки.