Согласен, но на практике для аквакультуры, обычно, обособленное.
У нас в Московско-Окском терруправлении прослеживается четкая зависимость по областям. В части областей водоемы выделяются под обособленное водопользование, в другой части - под совместное, соответствующие документы выложены тут.
http://www.moktu.ru/fishing-and-fishfarming/ob-akvakulture/shemi-vodnih-obektov-s-nanesen/
Все зависит от подхода региональных властей.